橫琴粵澳深度合作區實施範圍為橫琴島「一線」和「二線」之間的海關監管區域，總面積約106平方公里。

其中，橫琴與澳門特別行政區之間設為「一線」；橫琴與中華人民共和國關境內其他地區之間設為「二線」。

管轄

根據橫琴全島客觀現實情況，對合作區進行分區分類施策管理。

• 澳門大學橫琴校區和橫琴口岸澳門管轄區，由全國人大常委會授權澳門特別行政區政府管理，適用澳門有關制度和規定，與其他區域物理圍網隔離；
• 粵澳雙方共商共建共管共享區域採用電子圍網監管和目錄清單方式，對符合條件的市場主體，實施特殊政策。

定位

• 促進澳門經濟適度多元發展的新平台。立足粵澳資源稟賦和發展基礎，圍繞澳門產業多元發展主攻方向，加強政策扶持，大力發展新技術、新產業、新業態、新模式。
• 便利澳門居民生活就業的新空間。推動合作區深度對接澳門公共服務和社會保障體系，為澳門居民在合作區學習、就業、創業、生活提供更加便利的條件，營造趨同澳門的宜居宜業生活環境。
• 豐富「一國兩制」實踐的新示範。堅守「一國」之本，善用「兩制」之利，立足合作區分線管理的特殊監管體制和發展基礎，率先在改革開放重要領域和關鍵環節大膽創新，推進規則銜接、機制對接，打造具有中國特色、彰顯「兩制」優勢的區域開發示範，加快實現與澳門一體化發展。
• 推動粵港澳大灣區建設的新高地。充分挖掘粵港澳大灣區制度創新潛力，用足用好澳門自由港和珠海經濟特區的有利因素，加快提升合作區綜合實力和競爭力，有力支撐澳門－珠海極點對粵港澳大灣區的引領作用，輻射帶動珠江西岸地區加快發展。

目標

• 到2024年澳門回歸祖國25周年時，粵澳共商共建共管共享體制機制運作順暢，創新要素明顯集聚，特色產業加快發展，公共服務和社會保障體系與澳門有序銜接，在合作區居住、就業的澳門居民大幅增加，琴澳一體化發展格局初步建立，促進澳門經濟適度多元發展的支撐作用初步顯現。
• 到2029年澳門回歸祖國30周年時，合作區與澳門經濟高度協同、規則深度銜接的制度體系全面確立，各類要素跨境流動高效便捷，特色產業發展形成規模，公共服務和社會保障體系更加完善，琴澳一體化發展水平進一步提升，促進澳門經濟適度多元發展取得顯著成效。
• 到2035年，「一國兩制」強大生命力和優越性全面彰顯，合作區經濟實力和科技競爭力大幅提升，公共服務和社會保障體系高效運轉，琴澳一體化發展體制機制更加完善，促進澳門經濟適度多元發展的目標基本實現。

部署

• 布局建設一批發展急需的科技基礎設施，組織實施國際大科學計劃和大科學工程，高標準建設澳門大學、澳門科技大學等院校的產學研示範基地。
• 大力發展集成電路、電子元器件、新材料、新能源、大數據、人工智能、物聯網、生物醫藥產業。加快構建特色芯片設計、測試和檢測的微電子產業鏈。
• 着眼建設世界一流中醫藥生產基地和創新高地，發展中醫藥服務貿易，建立具有自主知識產權和中國特色的醫藥創新研發與轉化平台。
• 對在澳門審批和註冊、在合作區生產的中醫藥產品、食品及保健品，允許使用「澳門監造」、「澳門監製」或「澳門設計」標誌。
• 研究簡化澳門外用中成藥在粵港澳大灣區內地上市審批流程，探索允許在內地已獲上市許可的澳門中藥在粵港澳大灣區內地生產，對澳門研製符合規定的新藥實施優先審評審批。
• 支持發展毛坯鑽石加工，打造世界級毛坯鑽石、寶石交易中心。
• 高水平建設橫琴國際休閒旅遊島，支持澳門世界旅遊休閒中心建設，推動粵港澳遊艇自由行。
• 建設中葡國際貿易中心和數字貿易國際樞紐港，推動傳統貿易數字化轉型。
• 充分發揮澳門對接葡語國家的窗口作用，支持合作區打造中國－葡語國家金融服務平台。
• 支持在合作區開展跨境人民幣結算業務，鼓勵和支持境內外投資者在跨境創業投資及相關投資貿易中使用人民幣。
• 降低澳資金融機構設立銀行、保險機構准入門檻。支持在合作區開展跨境機動車保險、跨境商業醫療保險、信用證保險等業務。
• 對合作區符合條件的產業企業減按15%的稅率徵收企業所得稅，將有利於澳門經濟適度多元發展的產業全部納入政策範圍。
• 對在合作區設立的旅遊業、現代服務業、高新技術產業企業新增境外直接投資取得的所得，免徵企業所得稅。
• 對在合作區工作的境內外高端人才和緊缺人才，其個人所得稅負超過15%的部分予以免徵。
• 對在合作區工作的澳門居民，其個人所得稅負超過澳門稅負的部分予以免徵。
• 推動全面放開澳門機動車便利入出合作區。
• 允許指定醫療機構使用臨床急需、已在澳門註冊的藥品和特殊醫學用途配方食品，以及使用臨床急需、澳門公立醫院已採購使用、具有臨床應用先進性（大型醫用設備除外）的醫療器械。
• 研究支持粵澳共建區域醫療聯合體和區域性醫療中心，增強聯合應對公共衞生突發事件能力。
• 大幅降低並逐步取消合作區與澳門間的手機長途和跨境漫遊費。
• 支持澳門輕軌延伸至合作區與珠海城市軌道線網聯通，有序推進廣州至珠海（澳門）高鐵、南沙至珠海（中山）城際鐵路等項目規劃建設。
• 在跨境直接投資交易環節，按照準入前國民待遇加負面清單模式簡化管理。
• 在跨境融資領域，探索建立新的外債管理體制，試點合併交易環節外債管理框架，完善企業發行外債備案登記制管理，全面實施全口徑跨境融資宏觀審慎管理。
• 實施市場准入承諾即入制，嚴格落實「非禁即入」，在「管得住」前提下，對具有強制性標準的領域，原則上取消許可和審批，建立健全備案制度，市場主體承諾符合相關要求並提交相關材料進行備案，即可開展投資經營活動。強化事中事後監管，建立與澳門銜接、國際接軌的監管標準和規範制度。
• 支持珠海、澳門相關高校、科研機構在確保個人信息和重要數據安全前提下，實現科學研究數據跨境互聯互通。
• 在粵港澳大灣區建設領導小組領導下，粵澳雙方聯合組建合作區管理委員會，在職權範圍內統籌決定合作區的重大規劃、重大政策、重大項目和重要人事任免。合作區管理委員會實行雙主任制，由廣東省省長和澳門特別行政區行政長官共同擔任。
• 合作區管理委員會下設執行委員會，履行合作區的國際推介、招商引資、產業導入、土地開發、項目建設、民生管理等職能。執行委員會主要負責人由澳門特別行政區政府委派，廣東省和珠海市派人參加，協助做好涉及廣東省事務的協調工作。
• 合作區上升為廣東省管理。成立廣東省委和省政府派出機構，集中精力抓好黨的建設、國家安全、刑事司法、社會治安等工作。
• 支持粵澳雙方探索建立合作區收益共享機制，2024年前投資收益全部留給合作區管理委員會支配，用於合作區開發建設。
• 立足橫琴土地開發現狀，合作區未來新出讓建設用地，應直接服務於支持澳門經濟適度多元發展。